Bueno Jalejos, finalmente he dado con la solución!

La cuestión es que cuando tienes un archivo MKV con audios DTS-HD o TRUE-HD, hay que mencionar que no todos los aparatos tipo reproductores bluray actuales y tipo discos duros multimedia pueden reproducir estos archivos de audio. Sin embargo, si estos archivos MKV los reproduces en estructura Bluray o AVCHD o directamente en su contenedor M2ts o MTS entonces estos audios HD si son reproducibles.
La pega está en que el programa TSmuxer, programa que te permite pasar el MKV a mts, m2ts, avhd o bluray, no acepta el audio TRUE-HD salvo que su base sea AC3, es decir: AC3 core + TRUE HD. Por otro lado, el programa TsRemux, similar al anterior, pero no el mismo, no me carga el archivo MKV.
Como te dije, soy bastante cabezón... y seguí investigando.
Los pasos que he seguido para tranformar mi archivo MKV (con varias pistas de audio, entre ellas una TrueHD, subtítulos..) a estructura BLURAY o AVCHD para así reproducirlo ok en mi Sony BDP-S470 (reproductor bluray de salón) son:
1) Con MKV extract extraemos todas las pistas que tiene el archivo MKV.
2) Con UsEac3TO v0.9.0, versión GUI del conocido eac3TO (y por lo tanto más sencillo de manejar sino te mueves en temas de comandos), convertirmos la pista TRUE HD a THD+AC3, tal como se explica aquí:
Citar
Para hacer BD o AVCHD es mandatorio usar el mix thd+ac3, y por eso eac3to lo extrae de esa manera, pero tsmuxer no lo mezcla bien directamente, hay que usar TsMuxer y luego TsRemux verlo aqui (
http://forum.doom9.org/showthread.php?p=1183559#post1183559)
Fuente:
http://www.dvdadvdr.com/forums/archive/index.php/t-65191.htmlAquí explican el proceso:
How to demux-remux-play your uncompressed, lossless, lossy HD audio BD/HD rips
http://forum.doom9.org/showthread.php?p=1183559#post11835593) Con la pista de audio .THD+AC3, ahora sí! podemos irnos al TSmuxer 1.10.6 y cargar las pistas que hemos extraido junto a nuestra nueva pista de audio THD+AC3 que es reconocida perfectamente como TRUE-HD.
Y con esto ya sólo tenemos que hacer o exportar a bluray o avchd, o a mts o m2ts en función de donde vamos a reproducirlo. En mi caso, lo exporto a BLURAY. Me crea las carpetas BDMV y CERTIFICATE, que grabo con NERO, formato UDF 2.5. También puedo exportarlo a M2TS y grabarlo en un DVD de datos o reproducirlo desde un USB/HDD conectado al Sony...
Lo he reproducido perfectamente en mi Sony BDP-470. Con todos los audios y subtítulos del MKV. Y... mi homecinema Yamaha me muestra en el diplay al igual que el reproductor SONY: DOLBY TRUE HD.
Mencionar que en mi caso, aunque se mencione que hay usar TSmuxer y después TSremux, no he tenido que hacer esto y todo ha ido OK. Sólo he usado TSmuxer. Supongo, que a fecha de esos post que os he dejado, que son del 2008 o del 2009, la versión que hubiera entonces del TSmuxer no estaría tan afinada como la actual. No obstante, he seleccionado el archivo M2TS (que es el que contiene video y audios..) incluído en la ruta BDMV/STREAM/, lo he cargado en TSremux, que por cierto, ahora si me carga este archivo, y con este programa tienes la posibilidad también de exportar a M2TS, MTS o BLURAY...
Espero que este post pueda ayudar a otros que como yo no quieren desperdiciar los audios HD.
Saludos!
TSremux:
http://www.digital-digest.com/software/TsRemux_history.htmlTSmuxer:
http://www.digital-digest.com/software/TsRemux_history.htmlMKVextract:
http://www.videohelp.com/tools/MKVExtractGUI-2UsEac3TO:
http://www.mundodivx.com/descargas.php?id=69 +
http://www.antiscreeners.com/phpBB2/viewtopic.php?t=5512